Az alkalmazás alapfunkciói közé tartozik a projektek központi irányítása, a fájlok megosztása, illetve a felhasználó szintű információszűrés. Továbbá a csoport tagjai ezen a felületen láthatják a teljes projekt helyzetét, információt szerezve a jövőbeli feladatokról, a lehetséges késésekről, nyomon követhetik a feladatok státuszát, illetve azok mérföldköveit.
A SkyDesk Projects Premium csomagjában található meg a Bug Tracker. Ezzel a felhasználók regisztrálhatják a hibákat és ellenőrizhetik azok státuszát. Emellett a más rendszerekben kezelt információkat exportálhatják, és könnyedén be is olvashatják. A csoportos chatelés és timesheet rendszer szintén a prémium kategória része. Utóbbival a felhasználók nyomon követhetik az időráfordításukat, és napi, heti szintű bontásban értékelhetik az elvégzett feladataikat. Mindezeken túl a SkyDesk Projects összekapcsolható a Dropbox-szal is, így az alkalmazás az ott elhelyezett fájlokat is képes kezelni.