Az új kabinet szerint az innovációs terület támogatási rendszere minden részletre kiterjedő átvilágításra szorult, amelynek során bebizonyosodott, hogy számos esetben nem hatékony, nem követhető és nem számon kérhető módon használták fel a rendelkezésre álló forrásokat. A kifizetési igényeket sürgősséggel vizsgálták át és rangsorolták. Molnár Ágnes a Nemzeti Fejlesztési Minisztérium államtitkára arról tájékoztatta Pálinkás Józsefet, az MTA elnökét, hogy az Országos Tudományos Kutatási Alapprogram (OTKA) által kezelt érvényes szerződésekkel rendelkező közös NKTH-OTKA pályázatok esetében 553 millió forint kifizetését már elindították.
A szaktárca közleménye szerint az a több mint 100 kutató vagy intézmény, aki vagy amely az innovációs alap terhére meghirdetett különféle NKTH-pályázatokon indulva további 3 milliárd forint elnyerhető összegért folyamodott és pályázatait nem bírálták el, kutatásai, fejlesztései folytatásához és innovációs ötletei megvalósításához az Új Széchenyi Terv keretében kiírandó pályázatokban juthat kiegészítő forrásokhoz.